Naslednja zelo pomembna zavržba obtožnice se je zgodila 1. februarja 1994, ko je Tomaž Miklavčič zavrgel ovadbo višjega javnega tožilca v Mariboru z dne 25. januarja 1994 zoper Janeza Janšo zaradi suma zlorabe javnih pooblastil. Janez Janša naj bi bil v skladu z ovadbo mariborskega višjega tožilstva zlorabil pravico obrambnega ministra, da izdaja dovoljenja za tranzit vojaškega orožja in opreme čez ozemlje Slovenije, tako da je v nasprotju z določili ustanovne listine OZN in z resolucijo varnostnega sveta OZN št. 713 o splošnem in celovitem embargu za vse pošiljke orožja in vojaške opreme v Jugoslavijo izdal sedem dovoljenj za tranzit večjih količin vojaškega orožja, streliva in opreme čez ozemlje Slovenije v Republiko Hrvaško in dve dovoljenji za BiH ter prodal pooblaščenemu predstavniku BiH Hasanu Čengiću 5560 avtomatskih pušk po 242 ameriških dolarjev. Pri tem se je Miklavčič oprl na z mednarodnim in domačim pravom povsem sprto mnenje, da "resolucija varnostnega sveta ni pravni, ampak politični akt" in da je zato Janez Janša s svojim ravnanjem sploh ni mogel kršiti. Pikantna podrobnost ob tej zavrnitvi je, da je z več sto stranmi dokazov podprto ovadbo višjega mariborskega tožilca mag. Dušana Požarja nekdanji ljubljanski tožilec Tomaž Miklavčič zavrnil samo pet dni po tem, ko je bila poslana iz Maribora oziroma tako rekoč v trenutku, ko jo je dobil v roke! Po istem receptu je nato umaknil še obtožnico proti Mihi Brejcu in soobtoženim, ne da bi sploh obrazložil svoj sklep.