Vrhovno državno tožilstvo je pripravilo obtožnico zoper nekdanjega direktorja Sove Iztoka Podbregarja in ga obtožilo dveh kaznivih dejanj zlorabe položaja. Domnevno mu očitajo nenamensko porabo denarja iz tako imenovanega črnega fonda, ki ga je odkrila vladna komisija pod vodstvom pravosodnega ministra Lovra Šturma. Menda s ta sporna nakup letalske vozovnice za indijskega alternativnega zdravilca Sadananda Sardeshmukha, leta 2005 povabljenca predsednika države Janeza Drnovška, ki jo je odobril Podbregar kot takratni direktor agencije, ter nakup dragocene ure ob upokojitvi uslužbenca, ki so ga opravili kar iz črnega fonda. Gre za neproračunska sredstva, s katerimi je razpolagala slovenska obveščevalna služba in o katerih ni obvestila niti vlade niti parlamentarne komisije. Podbregar je ob razkritju črnega fonda izjavil, da gre za donacije iz tujine in operacije v tujini, čeprav o tem ne obstaja nobena dokumentacija. Vladna komisija je sicer na Sovi našla še več nepravilnosti in poročila poslala v presojo državnemu tožilstvu. Tako je agencija kršila zakon o arhivskem gradivu, po katerem bi morala vse gradivo nekdanje SDV izročiti Arhivu RS do leta 2000, česar pa ni storila vse do letos. Zaradi tega mnogo državljanov ni moglo uveljaviti pravic iz zakona o popravi krivic. V prostoru za dokumentacijo so našli rezalnik za uničevanje dokumentov, pri čemer se je pojavilo vprašanje, koliko arhivskega gradiva je bilo uničenega še po letu 1990. Izkazalo se je, da Sova zaposluje kar šestdeset delavcev preveč in da so se službe delile po političnih in družinskih zvezah. Vladna komisija je odkrila še prenosno napravo za prisluškovanje mobilnim telefonom, ki jo je 1999. za več kot sedemsto tisoč evrov kupil tedanji direktor Drago Ferš. Zanjo nista vedela niti vlada niti parlamentarna komisija za nadzor varnostnih in obveščevalnih služb, prav tako ni znano, koliko časa so jo uporabljali in za kakšne namene. Skriti prostori Sove so se namesto za konspirativno dejavnost uporabljali kot stanovanja nekaterih uslužbencev, stroški pa so bili prikazani kot tajno pridobivanje podatkov. Agencija je ustanovila in financirala podjetje Webs, ki se je ukvarjalo s spletnim gostovanjem in oblikovanjem. Prevajalske storitve zunanjim izvajalcem so bile enkrat plačane po pogodbi, drugič iz posebnega sklada. Sova je celo zlorabila institut registracije tajnega sodelavca in omogočila davčno utajo. Čeprav je vlada v letih 2003, 2004 in 2005 agenciji namenila 126.300 evrov za delo direktorja agencije za reformo obveščevalnega sistema BiH, agencija s to osebo ni sklenila ustrezne pogodbe, temveč jo je registrirala kot tajnega sodelavca, da ji ni bilo treba plačati davkov. Po naših virih je bil to nekdanji direktor Sove Drago Ferš, zoper katerega menda že teče predkazenski postopek.