Hujše črevesne okužbe v prvem letu življenja so dokaj neugodne za nastanek alergij, kar pomeni, da bi bilo v prvem letu življenja priporočljivo, da otrok ni v okolici, kjer je veliko okužb, zlasti če je v družini alergija. Po drugi strani je dobro, da ima v črevesu karseda veliko normalne flore. Nekateri otroci, zlasti nedonošenčki, se rodijo s preveč prepustno sluznico. To pomeni, da so med epitelijskimi celicami pore. Taki otroci so bolj nagnjeni k razvoju alergije, saj je njihov epitelij bolj prepusten − bodisi zaradi gensko določene konstitucije bodisi zaradi nedonošenosti, zaradi katere je črevo manj razvito in zato bolj prepustno. Tako lahko pride do stika z molekulami hrane, ki jih ima imunski sistem za tujke. Zato je zaželeno, da je otrok, če je le možno, v prvem letu izoliran od hujših okužb ter da ima bogato črevesno floro, ki ga ščiti pred okužbam in ne dovoli, da patogene bakterije pridejo do sluznice. Neškodljive bakterije, ki tvorijo normalno črevesno floro, so pomembne za preprečevanje alergij zlasti pri majhnih otrocih, kajti pri njih se imunski sistem šele uči prepoznavati posamezne snovi. Zato je poglavitno sredstvo za preprečevanje prehranskih alergij predvsem skrb, da otrokova črevesna sluznica čimbolj poredko zboli zaradi okužbe z bolezenskimi mikrobi. Pri tem je nadvse koristno dojenje, kajti protitelesa iz materinega mleka ščitijo otrokova prebavila pred bolezenskimi mikrobi iz materinega in otrokovega okolja. Študije tudi kažejo, da uživanje probiotičnih bakterijskih pripravkov tri mesece pred porodom (pri nosečnici) in pol leta po porodu (pri otroku) pomembno prispeva k večji odpornosti otrokove črevesne sluznice na bolezenske mikrobe in k redkejšemu pojavljanju prehranskih alergij.