Do odločilne bitke z mameluki je prišlo 21. julija 1798 pri vasi Embaba pred Kairom. »Vojaki, štirideset stoletij zre na vas s teh spomenikov!«, je vzkliknil Napoleon vojakom pred piramidami in jih tako spodbujal, naj se v boju ne osramote pred zgodovino. Mameluki so Francoze pričakali pri Gizah. Jedro vojske je sestavljalo 6000 konjenikov. Z njimi je bila tudi pehota redne turške vojske, v njej so bili v glavnem Albanci. Desni bok mameluške vojske je varovalo nekaj vojnih ladij na morju. Na položajih pehote je bilo na kopnem še 37 topov, nekaj jih je bilo na ladjah na Nilu. Topovi so bili na obrambnih položajih in niso spremljali napada mameluške konjenice. Če bi bilo drugače, Napoleon ne bi mogel ponoviti uspeha s aetverokoti, saj je ob topovih gosto zbita pehota nesmisel. Toda mameluki so ponovili napako. Napadli so obe krili francoskih karejev, povsod, kjer so poskušali prodreti, so bili odbiti z ognjem iz topov in pušk. Najbolj hladnokrvni poveljniki so napadalce pustili celo na deset korakov, šele potem so plotuni iz francoskih pušk podirali cele vrste napadajočih jezdecev. Tiste, ki so prišli skozi ogenj, so pričakali bajoneti prve francoske vrste, druga in tretja sta nadaljevali s streljanjem. Bojišče je bilo pokrito z mrtvimi jezdeci in konji. Francoski kareji so bili skoraj nedotaknjeni. Mameluki so skušali zavzeti vas, kjer je nekaj francoskih čet varovalo vodnjake, toda tudi tam so bili odbiti. Glavni del bitke je trajal vsega eno uro. Ko je začel konjeniški napad pojenjavati, je Napoleon ukazal iz notranjih vrst karejev oblikovati napadalne kolone. Z njimi je udaril proti sovražnikovi pehoti in hkrati konjenici presekal umik. Po nastopu teh kolon so se najprej umaknili mameluki na levem bregu Nila in potem še na desnem bregu. Ti v bitko niti niso posegli. Bitka je bila dobljena. Večina mamelukov in vodij se je umaknila. Po francoskih podatkih so imeli mameluki 3000 mrtvih, izgubili so 40 topov in 400 natovorjenih kamel. Padlo je 40 Francozov, 120 je bilo ranjenih. V Kairo so Francozi vkorakali 24. julija. Nato je Napoleon mameluke zasledoval proti vzhodu in jih spet premagal. Po vrnitvi v Kairo je izvedel, da mu je angleški admiral Nelson pri Abukiru uničil ladjevje. S tem je francosko vojsko odrezal v Egiptu in ji onemogočil vrnitev v Francijo. Napoleona se ni lotila nobena panika. Razglasil se je za šejka Egipta in začel vladati. Iz domačinov je sestavil nekaj enot in tako okrepil vojsko. S 15.000 vojaki se je odpravil na pohod proti Turkom v Sirijo. Obljubljal je tudi, da bo Indijce osvobodil angleške prevlade. Po tridnevnem obleganju je vojska zavzela Jafo, pobila branilce in prebivalce ter dva dni in dve noči ropala po mestu. Tu je potem francoske vrste razredčila kuga. Francozom je zmanjkalo hrane. Jedli so že konje in kamele. Zato je Napoleon zaradi varčevanja s strelivom ukazal 3000 ujetnikov z bajoneti pognati v morje, kjer so utonili. Med njimi so bili tudi otroci. Francozi so napredovali do Akona (St. Jean d’Acre), velike srednjeveške trdnjave iz križarskih časov. Kljub obleganju je niso mogli zavzeti. Med poveljniki trdnjave je bil tudi francoski polkovnik, nekdanji Napoleonov tovariš z vojaške šole. Večjo zmago so Francozi dosegli v bitki pri Taboru, toda dalje od Acre niso mogli. Zato se je Napoleon odločil za vrnitev v Egipt. V Jafi so Francozi zastrupili nekaj deset vojakov, ki so zboleli za kugo in jih ni bilo mogoče vzeti s seboj. Čeprav je bil v Siriji dejansko zavrnjen, je Napoleon ob vrnitvi v Egipt slavil velike zmage in se predstavljal za zmagovalca.