Po 89. členu ZON imajo fizične in pravne osebe, ki se jim zaradi omejitev in prepovedi iz tega zakona ali na njegovi podlagi izdanih aktov o zavarovanju bistveno poslabšajo obstoječi pogoji za pridobivanje dohodka in tega ni mogoče nadomestiti z dovoljeno dejavnostjo v okviru varstvenih režimov oziroma razvojnih usmeritev na zavarovanih območjih, pravico do odškodnine, vendar morajo vložiti zahtevo za odškodnino v enem letu po prejemu odločbe, izdane na podlagi predpisa, ki je povzročil spremembo razmer. Na zahtevo fizične ali pravne osebe, ki ima v lasti nepremičnino na zavarovanem območju, ki ga je ustanovila država, pa te nepremičnine zaradi omejitev in prepovedi iz tega zakona ni več mogoče rabiti za dejavnost, kot se je rabila pred zavarovanjem ali pa se lahko rabi le v neznatni meri, mora država odkupiti to nepremičnino za primerno plačilo, če je zahteva vložena v roku dveh let po pravnomočnosti ustrezne odločbe (90. člen ZON). Za škodo, ki jo povzročijo zavarovane živali, zakon predvideva podoben postopek kot zakon o varstvu, gojitvi in lovu divjadi ter upravljanju lovišč (preprečevalni ukrepi, prijava škode organizaciji za varstvo narave ali upravljalcu zavarovanega območja v desetih dneh, zapisniška ugotovitev škode na kraju samem in soglasni predlog za višino odškodnine ministrstvu; če pa oškodovanec in omenjena organizacija ne ravnata tako v 30 dneh po prejemu prijave, lahko oškodovanec zahteva odškodnino od ministrstva v treh mesecih od nastanka škode oziroma vloži tožbo najkasneje v šestih mesecih od prijave škode, 93. člen ZON).