Jeseni 1942 se je Karol Wojtyla dokončno odločil, da bo vstopil v semenišče v Krakovu in začel študirati filozofijo in teologijo na Jagelonski univerzi. Ker je bil "zunanji študent", je moral zaslužiti za življenje in se skrivati pred nevarnostjo, da bi ga deportirali v Nemčijo. Ko je septembra 1944 prišel v seminar "priljubljenega metropolita" in kasnejšega kardinala Sapijeha, je končno lahko opustil delo v tovarni in začel drugačno življenje. V določenem pomenu to ni bilo več njegovo lastno življenje. Cerkev in posamezniki so odločali o njem. Med njimi je bil na vrhu knezoškof Sapijeha, ki je vedel, da ima pred seboj vsestransko obdarjenega mladega moža, primernega za kasnejše vodilne vloge v cerkvi. Že 1. novembra 1946 je bil Wojtyla posvečen v duhovnika. Mladega duhovnika je nadškof iz Krakova takoj poslal v Rim, da bi študiral vse tisto, kar je bilo potrebno, da bi pozneje prišel med najvišje v svoji domovini.