Po napadu in uničenju župnijske zgradbe, ki je bila ob vznožju cerkvenega hriba in prav tako v Zagorici, je žandarmerija zasedla cerkev in iz nje napravila vojaško utrdbo. V cerkvi vrh hriba so žandarji izdelali tudi bivalne prostore z vsemi življenjsko potrebnimi pritiklinami. Domačinom je tedaj uspelo rešiti nekaj sakralnih kipov in druge opreme. Prof. Plečnik je nekatere od teh kipov vključil v novo podobo cerkve. Lokacija vrh hriba je bil za nemške žandarje najboljši obrambni položaj. Skozi line vrh zvonika so imeli pregled nad celotno okolico. V zvoniku so stražili noč in dan in imeli skozi line uperjene strojnice na vse strani ter tako vlivali domačinom strah v kosti. Orožje se je večkrat oglasilo, a žrtev hvala Bogu ni bilo. Neke noči proti koncu vojne pa je žandarmerija neopazno odšla. Da je ni več v cerkvi, so ugotovili po tem, ker so strojnice izginile iz lin v zvoniku. Ko so nato domačini vstopili v cerkev, so imeli kaj videti * notranjščina cerkve je bila en sam betonski bunker.