Na novega leta 1943 pa je bil v Stični pri sv. maši in obhajilu, nato pa se je z vlakom peljal do Trebnjega. Tam je prisedel na voz in se z nekaterimi drugimi odpeljal proti Mokronogu. Na pot je šel, čeprav so ga opozorili, da so na Mirni partizani. Ko bi res šel na pot z namenom, ki so mu ga pri zaslišanju očitali in skušali iz njega izsiliti priznanje, da je izdajalec, da nosi posebno pismo za tedanjega župnika na Mirni g. Jakoba Širaja, ki naj sestavi seznam simpatizerjev partizanov, na to pot gotovo ne bi šel. Kar so Lojzetu očitali, tega ni mogel priznati kljub mučenju. Ne da bi mu očitano dokazali, so ga obsodili, umorili in ga nepokopanega pustili pod neko skalo nedaleč od mirenskega gradu v dolini Vejeršce v noči od 1. na 2. januar 1943. Ko so ga 23. februarja našli otroci, je bil sestavljen zapisnik (pod njega se je podpisalo deset prič), v kakšnem stanju so našli truplo. Lojzeta so pokopali na pokopališču v Šentrupertu. Pri ekshumaciji njegovega trupla leta 1999 so sestavili uradni zapisnik. Ugotovili so – sledi so bile vidne na Lojzetovi lobanji –, da so ga udarili v glavo s topim predmetom in ustrelili v tilnik. Ta zapisnik so z drugimi dokumenti poslali po končanem postopku v Rim na Kongregacijo za zadeve svetnikov. Na osnovi vse te dokumetacije je sedanji papež Benedikt XVI. 27. marca odobril odlok o Lojzetovi mučeniški smrti.