Soja v kombinaciji z žiti lahko v vegetarijanski prehrani pokrije večino esencialnih aminokislin, saj na ta način izravnamo pokritje potreb po cistinu in večinoma po metioninu, ki ju primanjkuje v soji, in lizinu, ki ga je zelo malo v žitih. Kljub vsemu pa vsebnosti metionina v količini, kot je v mesu, na ta način ne moremo nadomestiti. Kljub visoki biološki vrednosti sojinih beljakovin je njihova prebavljivost v primerjavi z drugimi beljakovinami občutno slabša. Prebavljivost se poslabša zaradi prisotnosti tripsinskega inhibitorja in hemaglutinina, ki zavirata prebavo vseh beljakovin (v krompirju ga je dvakrat več!). Pri dolgem kuhanju soje se prebavljivost sojinih beljakovin izboljša, zmanjša pa se njihova biološka vrednost. Kljub vsemu pa otroci z neusklajeno vegetarijansko prehrano brez industrijsko sintetiziranih dodatkov k izdelkom iz soje ne rastejo enako dobro kot v primeru, ko uživajo meso in mleko. Uživanje soje lahko zmanjša absorbcijo nekaterih elementov, kot sta železo in cink; nekateri pa tudi zaradi zdravstvenih razlogov sojo težko prenašajo.