Po smrti ljubljanskega škofa Urbana Kalca (Textorja) se na povabilo protestantsko usmerjenih kranjskih deželnih stanov po trinajstletni odsotnosti junija 1561 vrne v Ljubljano. Postane prvi superintendent protestantske cerkve na Slovenskem, že naslednje leto pa ga ljubljanski škof Seebach ovadi cesarju Ferdinandu I., češ da nasprotuje katoliški veri. Gonja zoper njega se stiša šele zatem, ko deželni stanovi, ki se postavijo Primožu v bran, nastopijo s protiobtožbami in dosežejo, da tridentinski koncil zoper škofa Seebacha sproži osebno preiskavo. Leta 1563 na Primoževo pobudo v Ljubljani ustanove javno poklicno latinsko šolo, v kateri poučujejo tudi v slovenščini, naslednje leto pa izda slovensko Cerkovno ordningo, cerkveni red slovenske protestantske cerkve. Z njo poseže na področje, ki je domena deželnega kneza, zaradi česar mora znova v izgnanstvo, skoraj vseh 300 izvodov knjige, ki jih na Kranjsko pritovorijo v dveh sodih, pa uničijo. Junija 1565 zapusti Ljubljano in se napoti v Tübingen, ob ženi Barbari, sinovih Primožu in Felicijanu ter hčeri Magdaleni pa ga spremlja tudi mlad študent iz Krškega, Jurij Dalmatin. Po nekaj selitvah se leta 1566 kot pridigar naseli v Derendingenu, mestecu v bližini Tübingena, ki postane njegov »Nigdirdom«. Ker upa na skorajšnjo vrnitev, hiše v Ljubljani še nekaj let ne proda, zbirka knjig, ki jo podari »vsej častiti deželi in cerkvi na Kranjskem«, pa postane osnova za stanovsko knjižnico, prvo javno knjižnico na Slovenskem.