V Cerkvi so se najprej vzdržali komentarja, saj so pričakovali, da bo odklonilen odnos do tovrstnega delovanja jasno pokazala že strokovna javnost. Ker pa so se oglasili tudi zagovorniki Lukšičevega početja, se je v imenu Cerkve oglasila komisija SŠK pravičnost in mir. Pričakujejo, da se bodo do očitno sporne raziskave ustrezno opredelili tudi pristojni državni in akademski organi, saj »tako ravnanje že samo po sebi pomeni kršitev predpisov s področja varstva osebnih podatkov,« je zapisal predsednik komisije Anton Stres . Zatrjevanje, da se pri raziskavi niso zbirali osebni podatki, je po mnenju komisije neresno. »Posebej želimo opozoriti, da resna opazovalna metoda, skladna z etiko znanstvenega raziskovanja, zahteva poprejšnjo privolitev opazovanih oseb,« je poudaril Stres in opozoril, da je vse skupaj bolj podobno vohunjenju kot raziskovalni dejavnosti. Po njegovem mnenju je to zgolj ideološki aktivizem, ki zlorablja študente v politične namene. Stres je še opozoril, da je Lukšič podpredsednik in eden od ideologov SD: »V programu stranke v poglavju Demokratična tranzicija je končana med drugim očita Cerkvi vmešavanje v politiko, šolstvo, medije in vsiljevanje njenih vedenjskih vzorcev v javno življenje. Očitno je, da SD odreka Katoliški cerkvi pravico do svobodnega vzgojnega in izobraževalnega delovanja, do nastopanja v medijih, do javnega izražanja verskega prepričanja in sploh do javnega delovanja. To pomeni spodbujanje k nestrpnosti in kršitev 7. člena ustave, po katerem je delovanje verskih skupnosti svobodno.«