Kmalu po Plečnikovi vrnitvi iz Prage se je na arhitekta obrnil trnovski sosed Fran Saleški Finžgar s prošnjo za načrte podružne cerkve v Črni vasi. Arhitekt mu je poleti 1922 odpisal, da si je zanjo zamislil načrt, ki je bil arhitekturno povezan s sočasnimi osnutki za cerkev na praških Vinohradyh. A ker je primanjkovalo denarja, poleg tega je Ljubljansko barje zajela hujša povodenj, se načrt ni uresničil in šele 12 let pozneje so v eni od učilnic tamkajšnje šole po Plečnikovi zamisli postavili lesen oltar v obliki omare. Velike zasluge zanj in tudi za gradnjo cerkve ima arhitektov nečak Karel Matkovič. Bil je trnovski kaplan, od leta 1936, ko je v pokoj odšel Finžgar, duhovnik v Trnovem, kamor je Barje kot podružnica sodilo. Na njegovo pobudo je spomladi leta 1935 Plečnik narisal nov načrt cerkve, ki bi stala na nasipu ob cesti in bila tako obvarovana pred poplavami. Vendar zaradi pomanjkanja denarja načrta niso uresničili. »Prva prelomnica je bila šele, ko je umrl predsednik Gradbenega odbora barjanskih hišnih gospodarjev Josip Kozler, brat Petra Kozlerja, ustanovitelja Pivovarne Union. Josip je v oporoki zapustil tretjino bogastva za gradnjo barjanske cerkve,« je povedala Milovanovićeva. A tudi s tem denarjem ne bi bilo mogoče pokriti predračuna stavbenega mojstra Matka Curka, poleg tega so bili številni zapleti glede stavbnega zemljišča, skepse Barjanov in koristoljubja nekaterih posameznikov. Ko je mesto ponudilo novo zemljišče tik ob cesti, je Matkovič strica prosil za nov načrt cerkve. Omehčal ga je šele po dolgem moledovanju in Plečnik je 1937 izdelal zadnji, že četrti načrt. Plečnik je v njem predvidel samo nekatere statično nujne odseke zidu, preostanek pa je zapolnil z deskami. Zaradi finančnih težav so pri projektu pomagali tudi drugi. Les so prispevali domačini, za stebre je arhitekt uporabil cenene betonske cevi, namenjene mestni kanalizaciji, denar za gradnjo sta prispevala Plečnikova brata Andrej in Janez.