Zavod plačuje bolnišnice na podlagi vsakoletnega splošnega in področnega dogovora za bolnišnice, ki natančno opredeljujeta kriterije za načrtovanje obsega in sredstev za bolnišnične programe. Pri pripravi omenjenih dokumentov sodelujejo poleg Zavoda še predstavniki izvajalcev kakor tudi predstavniki ministrstva za zdravje. Pri opredelitvi možne količine in vrednosti programov partnerji izhajajo iz razpoložljivih javnofinančnih sredstev. Na teh podlagah dogovorjene pogodbene obveznosti, torej tudi do Splošne bolnišnice Izola, Zavod dosledno in redno poravnava. Pogoji poslovanja so vodstvom bolnišnic dobro znani, kar pomeni podlago za nenehno sprejemanje in uvajanje ustreznih ukrepov za uravnavanje odhodkov skladno s prihodki. To pomeni prilagoditev obsega in strukture programa razpoložljivim sredstvom, prestrukturiranje izvajanja programa iz bolnišnične v dnevno in ambulantno obravnavo, opuščanje programov, ki jih je je neracionalno izvajati v majhnem obsegu in ki jih kakovostno in stroškovno učinkovito izvajajo že druge specializirane bolnišnice, izvajanje javnih razpisov in zniževanje cen materialov in zdravil ipd. V tem letu se za plačevanje programov bolnišnične dejavnosti uvaja nova metodologija (skupine primerljivih primerov), ki pa nobeni bolnišnici ne zagotavlja poslovanja brez izgube, če vodstva bolnišnic ne bodo izvajala ukrepov, za katere so pristojna in odgovorna. S pomočjo modela partnerskega dogovarjanja pa imajo tudi možnost, da tvorno prispevajo k oblikovanju kriterijev za razporeditev programa med vse bolnišnice v Sloveniji kakor tudi za definiranje metod plačevanja programov. Res pa je, da navedeno ne pomeni več denarja za zdravstvene programe, kar so napačna pričakovanja mnogih.