Leta 1793 je strahovlada, ki je bila že dotlej huda, postala še bolj kruta. V oktobru je morala pod giljotino Marie Antoinette. V novembru, ko sta bila z ženo ravno sredi priprav za prebeg na Škotsko, so Lavoisierja aretirali. Maja je bil skupaj z enaintridesetimi sodelavci iz podjetja priveden pred revolucionarno razsodišče (sodni dvorani je "predsedoval" Maratov doprsni kip). Osem obdolžencev je bilo oproščenih, Lavoisierja in ostale pa so takoj odvedli na pariški trg Place de la Revolution (danes Place de la Concorde), kjer je brez prediha obratovala giljotina. Lavoisier je gledal obglavljenje svojega tasta, nato pa je stopil naprej in sprejel svojo usodo. Manj kot tri mesece zatem, 27. julija, je bil na istem kraju in na enak način usmrčen Robespierre in revolucionarne strahovlade je bilo v kratkem konec.