Spomladi 1990 Janeza nagovarjajo, naj kandidira na volitvah v republiško skupščino, a odkloni, saj, kot bo povedal kasneje, »sem slutil, da bi bil verjetno izvoljen. Zato sem se odločil le za občinske volitve, saj sem nameraval ostati zdravnik.« Kot kandidat Demosa postane delegat idrijskega družbenopolitičnega zbora, 9. maja pa še idrijski župan. Čeravno je Cerkljan, ki se odpravi županovat v Idrijo, ga dobro sprejmejo. Funkcijo opravlja nepoklicno: ob sredah županuje, druge dni v tednu pa zdravi v ambulanti. Kot župan ne zamudi priložnosti, da ne bi promoviral ideje o idrijsko-cerkljanski regiji. Raznim institucijam piše zahteve, da naj v procesu reforme lokalne samouprave Idrija postane sedež bodočega upravnega okraja, vrli Idrijčani pa v podporo tej zahtevi do jeseni zberejo več kot 10 tisoč podpisov. Nazadnje Idriji, tako kot sedežem vseh nekdanjih občin, dodele status okraja. Zasedanja občinske skupščine želi voditi kar najmanj konfliktno in je pri tem nadvse uspešen. Blokad in obstrukcij, tako značilnih za vrsto občinskih skupščin, idrijska ne pozna, tudi nesklepčnosti domala ne. Seje, na primer, tudi vselej pričenja s pobudami in vprašanji delegatov. Tako se ozračje v dvorani že takoj na začetku razelektri.