Ob nemškem napadu na Jugoslavijo so Vauhnika skupaj z ostalimi diplomati z imuniteto odpeljali na vlak, ki naj bi krenil proti Švici, dejansko pa je prišel v Beograd, in to po kapitulaciji. V Beogradu ga je aretiral gestapo in v trenutku se je znašel v Berlinu na sedežu gestapa na Prinz Albrechtstraße. Še pred tremi meseci je bil v sosednji Göringovi palači čaščen gost goreče družabnih sprejemov, sedaj pa je sedel na hladnem v celici 4,5 krat 1,5 metra. V ječi so ga kot enega najboljših poznavalcev nemškega vojaškega stroja temeljito preizpraševali, še zlasti po »njegovih« v nemškem generalštabu. V Himmlerjevem poročilu zunanjemu ministru von Ribbentropu veje spoštovanje do Vauhnika, ki mu verjamejo na besedo: »Vauhnik je s častno besedo zagotovil, da ni imel plačanih agentov in da ni dobival nobenih poročil od pripadnikov vojske, z državnih uradnih položajev ali iz partije. Svoje naloge ni opravljal tako, da bi zbiral poročila od svojih plačanih agentov, svoj pogled je uprl na vojaško politični in strateški položaj rajha… Pri pogajanjih z nemškimi podjetji je pogosto nenamerno prišel do podatkov, iz katerih je lahko pravilno sklepal tudi o nemških vojaških namenih.« Kot izvrstni poznavalec taktike je znal obrniti na glavo tudi razmerja v zaporu. Ker je dobro vedel za napetosti med SS-enotami in redno nemško vojsko, je pogovor obrnil v kritiko Wehrmachta. »Skoraj že nisem več vedel, ali sem brezpravni zapornik, izročen na milost in nemilost gestapa, ali nekak vojaški instruktor za puhle glave.« Imena svojega glavnega informatorja ni izdal ne preiskovalcem, ne memoarjem, kjer je zapisal, da bo šlo to ime z njim v grob. No, pred pozabo ga je vendarle rešil ameriški zgodovinar Jacob B. Hoptner v »Jugoslavija v krizi 1934-41«: »Vauhniku je bil izvor Canaris, šef tuje in protiobveščevalne službe nemške vrhovne komande, prek generalmajorja Hansa Osterja, njegovega glavnega pomočnika.«