Kljub takemu ozračju v Cii so z namenom, da vendarle razkrijejo krta v svojih vrstah, začeli v drugi polovici osemdesetih let opravljati nekoliko temeljitejše notranje nadzore. Prav neverjetno je, da je Ames v teh prvih preiskavah ostal zunaj kroga potencialnih osumljencev. Imel je srečo, saj so se preiskovalci hitro zadovoljili z dvema uspelima razkritjema krtov v svojih vrstah. Prvi je bil agent Cie in se mu je posrečilo še pravočasno prebegniti v Sovjetsko zvezo, drugi pa marinec, ki je bil obsojen za vohunjenje v času, ko je bil varnostnik na ameriškem veleposlaništvu v Moskvi. Amesa so kasneje v okviru notranjih nadzorov kar dvakrat preverili s poligrafom in ga navzkrižno zaslišali. Vendar kaže, da je bil sociopat in zato dokaj imun proti zasliševanju z detektorjem laži. Tudi sam je kasneje izjavil, da se je razmeroma lahko naučiti tehnike, s katero se da prevarati detektor laži. Zato je nekako nerazumljivo, da so se v takšnih protiobveščevalnih zaščitnih postopkih v Cii takrat tako močno zanašali na detektor laži.