Vauhnika je njegov stari sošolec, general Draža Mihailović, ki je bil poveljnik Jugoslovanske vojske v domovini, na začetku leta 1944 imenoval za poverjenika za Slovenijo. Kraljeva vlada je tedaj povišala Vauhnika tudi v čin brigadnega generala. Vauhnik je (občasno je v času svojega obveščevalnega dela uporabljal kodno ime general Marčič) navezal stike z več nekdanjimi kraljevimi oficirji, ki so bili pripadniki slovenskega domobranstva, in prek njih zbiral podatke, pripravljali pa naj bi se tudi, da bodo ob prvi ugodni priložnosti napadli nemško vojsko. Kmalu so te oficirje večinoma Nemci aretirali in jih poslali v koncentracijska taborišča. Nekateri so trdili, da so jih izdali komunisti, da bi se rešili potencialnih nasprotnikov v boju za oblast po vojni. Gestapo je prodrl tudi v Vauhnikov ljubljanski center mreže BBZ. Aretirali so enajst obveščevalcev in jih osem kasneje ustrelili. Vauhniku se je uspelo izmuzniti in se še globlje skriti v ilegalo. Kaj kmalu pa so mu postala tla v Ljubljani prevroča, zato se je napotil proti Italiji, kjer se je skrival pri članih svoje mreže. Le-ti so imel nekaj izkušenj v skrivanju, saj so prek svojih kanalov rešili nekaj protinacističnih in židovskih beguncev pred gestapom. Jeseni leta 1944 so gestapovci delno razbili najprej zagrebški in nato še tržaški center Vauhnikove obveščevalne mreže. Mreža je s tem praktično razpadla. Skupno je bilo ustreljenih štirinajst obveščevalcev, več pa jih je bilo poslanih v zapor in koncentracijska taborišča.