V drugi krog so se sicer uvrstili vsi štirje klubi iz Češke in Slovaške, izmed moštev s področja bivše Jugoslavije pa je izpadel samo Publikum. Najbolj zanesljivo so s svojim nasprotnikom opravili Sartid iz Smederevega, makedonski Vardar ter danska Esbjerg in Odense. Slednji je po neodločenem izidu na domačem srečanju proti severnoirski Bellymeni v povratnem obračunu vendarle postavil stvari na svoje mesto. Pri visoki zmagi z 0:7 se je s hat-trickom izkazal zambijski reprezentant Mwape Miti, ki je v zadnjem danskem prvenstvu dosegel 19 zadetkov. Odense se bo v drugem krogu pomeril s španskim Villarrealom, podobno težak oziroma atraktiven nasprotnik pa čaka tudi drugi danski klub, Esbjerg bo namreč igral s francosko Nico. Preobrat na povratni tekmi je poleg Slobode uspel še Slaven Belupu, Teplicam in Dinamu iz Minska. Hrvaški Slaven je na povratno tekmo proti malteškemu Hiberniansu pripotoval neposredno iz Zreč, kjer so nogometaši iz Koprivnice vadili v preteklih dneh. Najbolj presenetljiv je izpad Bregenza, ki si je na igrišču sicer priboril napredovanje, disciplinska komisija Uefe pa je zaradi igranja treh igralcev (mladincev), ki niso imeli pravice nastopa, prvo tekmo registrirala z 0:3 za azerbajdžanski Khazar Baku. Na povratnem srečanju je za goste v drugem polčasu zaigral tudi Dejan Grabič, vendar domače zmage ni preprečil. Uefa je tik pred tekmo Bregenzu zagotovila, da bo ob izidu 0:3 napredoval, ker je na igrišču visoko dobil prvo tekmo. Da je bil to račun brez krčmarja, so domači potrdili že v 30. minuti, ko so s pomočjo gostujočega branilca, ki je zatresel svojo mrežo, povedli in s tem praktično zapečatili usodo Avstrijcev. Najboljši posameznik vseh prvih in povratnih tekem prvega kroga je brazilski napadalec Dos Santos, ki je za Vardar na dveh tekmah proti ciprskemu Ethnikosu dosegel kar šest zadetkov. Irski Cork City je še v drugo, bržkone bolj kot švedski Malmö, šokiral stavce po Evropi. Očitno 14-kratni švedski prvaki letos vse sile stavijo na domače prvenstvo, v katerem jih uvrščajo med najresnejše kandidate za naslov. Nogometaši Soprona so v Teplicah po zmagi na prvi tekmi povišali skupno vodstvo z zgodnjim zadetkom v deveti minuti, nato pa v pičlih desetih minutah kar trikrat pobral žogo iz svoje mreže in se poslovili od tekmovanja. V Teplicah in Zlinu so z zmagama in uvrstitvijo v drugi krog napovedali ugoden dan za češki nogomet, kar so z zanesljivo uvrstitvijo v polfinale evropskega prvenstva potrdili tudi Nedved, Baroš in njuni soigralci.