V težko pričakovanem nadaljevanju uspešnice Madagaskar, v kateri se lev Aleš, zebra Martin, povodni konj Slavka, žirafa Milko in četica vojaško organiziranih pingvinov znajdejo na Madagaskarju, se junaki zdaj odločijo, da so bili dovolj dolgo na dopustu in da je čas, da se vrnejo v New York. Pingvini mojstrsko (no, ja, recimo temu tako) popravijo staro strmoglavljeno letalo in vsa družba, skupaj s kraljem Julijem, ki hoče osvajati nove dežele, in njegovo desno roko Maretom odleti z otoškega raja. Načrt je tako nor, da je skoraj izvedljiv, a seveda ne gre vse kot po maslu. V zraku ostanejo samo tako dolgo, da preletijo morsko ožino do najbolj divje celine na svetu - Afrike. Tam v živalskem vrtu vzgojena druščina prvič sreča svoje na svobodi živeče sorodnike ... nekdo med njimi celo dobesedno. Izkaže se, da je letalo strmoglavilo ravno v rezervatu, od koder so že dolgo tega lovci odpeljali malega levčka Aleša.