Khanova uradna kariera se je nepričakovano končala marca 2001, ko so ga odstavili s funkcije direktorja nacionalnega jedrskega laboratorija. Odstavil ga je pakistanski predsednik Mušaraf. Čeprav so ga takoj imenovali za posebnega svetovalca vlade, naj bi bile razlog za odstavitev finančne nepravilnosti poslovanja laboratorija, ki so jih ugotovili, in vse bolj pogosta opozorila ZDA Mušarafu o Khanovi dejavnosti, povezani s kršitvami pogodbe o neširjenju jedrskega orožja. Očitno ta opozorila in premestitev niso ustavili njegove dejavnosti v ilegalni mednarodni trgovini, povezani z jedrskim orožjem, saj so ZDA še večkrat opozorile Mušarafa in pakistansko politično ter vojaško vodstvo zaradi tega. Khana so podrobneje vzeli pod drobnogled tudi po terorističnem napadu 11. septembra 2001. Izkazalo se je namreč, da naj bi Al Kaida večkrat poskušala pridobiti materiale za izdelavo jedrskega orožja, da bi izdelala radioaktivno ali jedrsko bombo. Konec leta 2001 je pakistanska vlada zaradi suma, da so povezani z Al Kaido, res celo aretirala tri svoje jedrske znanstvenike. In vsi so bili tako ali drugače povezani s Khanom.