Predlog Zelaye, da bi uvedel posvetovalni referendum, ki ne bi bil zavezujoč in kjer bi volilci lahko izrazili svojo voljo glede procesa spreminjanja ustave, je volilna komisija zavrnila kot neustaven, čemur je pritrdilo tudi ustavno sodišče. Zelaya je pri tem vztrajal in zaprosil vojsko za logistično podporo, a je poveljnik oboroženih sil, general Romeo Vasquez, njegov ukaz zavrnil, češ da ne more izpolniti neustavnega povelja. Nato se je Zelaya odločil, da ga odstavi, kar je vrhovno sodišče razveljavilo in postavilo generala Vasqueza nazaj na svoje mesto. V sredo je Vasquez poslal vojsko na cesto z grožnjo, da bo odstavil predsednika, če bo ta vztrajal pri referendumu, ki bi moral biti prejšnjo nedeljo. V nedeljo ob treh zjutraj po lokalnem času je posebna vojaška enota po polurnem streljanju s predsednikovo stražo Zelayo aretirala na domu v glavnem mestu Tegucigalpa in ga privedla na letališče, od koder so ga deportirali v sosednjo Kostariko.