Naslednji cilj, ki ga je želela izpeljati JLA, sedaj že pod Kadijevićevim vodstvom, je bila celotna podreditev teritorialne obrambe Zveznemu sekretariatu za narodno obrambo, če bi se stvari iztekle optimalno, pa neposredno vodstvu JLA, in razorožitev teritorialne obrambe. Že Mamulovi garnituri je uspelo zaustaviti zahteve, da naj TO dobi tudi težko orožje in organizira divizije in korpuse, kar bi po mnenju vojaškega vrha pomenilo imeti dve vzporedni vojski (pri čemer bi bila TO formalno celo številčnejša). Te cilje je vodstvo JLA jasno nakazalo na seji Sveta za narodno obrambo 22. aprila 1989, vendar so jim nasprotovali nekateri poveljniki iz posameznih republik, tako da je bila akcija začasno ustavljena. V drugi polovici leta 1989 je vedno bolj postajala očitna naveza med srbskim vodstvom in vrhom JLA, Milošević pa je celo nameraval predlagati Kadijevića za zveznega premiera namesto Markovića, ki naj bi mu odrekli zaupanje (pred izvolitvijo Markovića je bilo obratno, namreč Kadijević je videl rešitev za Jugoslavijo v tem, da bi bil premier Milošević, vendar je bilo ocenjeno, da v Jugoslaviji ne bi dobil zadostne podpore, Milošević pa je tudi hotel urediti stvari najprej v Srbiji). Ko je septembra 1989 v slovenski skupščini prišlo do sprejemanja ustavnih amandmajev, sta se Jović in Kadijević dogovorila, da »se mora preprečiti rušenje ustavne ureditve države. JLA ima v tem pogledu ustavno obveznost, predsedstvo pa je vrhovni komandant JLA.« Zvezni sekretariat za ljudsko obrambo je po Jovićevem naročilu naredil analizo ustavnih amandmajev, na sestanku Jovića, Markovića in Kadijević s slovenskim vodstvom, ki ga je 21. septembra organiziral Drnovšek, pa sta Jović in Kadijević grozila »z uporabo drugih ukrepov, ki so na razpolago predsedstvu«, če Slovenija amandmajev ne bo umaknila. Razburjeni Kučan je nato zahteval, naj pojasnita, kaj pod tem mislita, pa sta mu odgovorila, naj vpraša pravnike, ki da mu bodo to bolje razložili. Slovenija ni popustila, Kadijević pa je tudi začel kolebati, češ da zvezna ustava ne predvideva načina, po katerem bi se preprečilo legalno rušenje ustavne ureditve s strani ene republike. Vojska je nato Svet za varstvo ustavne ureditve začela zasipati z informacijami o rušenju ustavne ureditve s strani tujih in domačih nasprotnikov, okrepila je obveščevalno in protiobveščevalno dejavnost. Enako je storil tudi Zvezni sekretariat za notranje zadeve, ki pa je imel težave, saj v »secesijskih« republikah obveščevalci niso hoteli sodelovati z njim in delati proti svojemu vodstvu.