Ostanimo vendar samo pri tistih dejstvih, ki so povezana z njegovim rektorskim delom. Prvič je bil za rektorja (v tretjem krogu) izvoljen leta 1993, naslednjič pa leta 1995, ko je po sprejetju visokošolskega zakona statut mariborske univerze podaljšal rektorski mandat na štiri leta (ljubljanska univerza je tedaj rektorja volila za dve leti), zaradi novega zakona pa mu je zakon omogočil tudi tretjo kandidaturo v letu 1999, ko je premagal dr. Davorina Kračuna in si zagotovil rektorski mandat do leta 2003. Ob njegov tretji mandat se je leta 1999 javno spotaknila le študentska organizacija mariborske univerze, ki je hkrati Toplaku očitala avtokratsko vodenje univerze. Rektor je tedaj odločno zavrnil te očitke, pri tem pa je imel tudi študentsko podporo - predsednik študentskega sveta in prorektor Andrej Šafarič je tedaj in pozneje neomajno branil rektorja (pred tem je devet članov študentskega sveta od rektorja zahtevalo, da preveri zakonitost Šafaričeve prorektorske kandidature).