Ko je odletel prvi val napadalcev, izgubili so le nekaj letal, so se vojaki in mornarji napotili reševat tisto, kar se je še rešiti dalo, vendar jih je sredi tega presenetil drugi val napada. Tokrat so bili ameriški vojaki veliko bolje pripravljeni na obrambo in v plamenih je padlo proti tlom več letal kot prvič, a vseeno so Japonci v celi operaciji izgubili komaj 29 letal, vsekakor zanemarljivo malo. Vendar pa je bil drugi napad pravzaprav napaka, saj je bil usmerjen predvsem na že tako ali tako zadete bojne ladje, medtem ko je podmorniško oporišče na primer ostalo nedotaknjeno. Prav tako tudi naftna skladišča ( v njih je bilo 4.500.000 sodov nafte, to je dva milijona sodov manj, kot so bile celotne zaloge japonske mornarice), tankerji, večji del delavnic in skladišč. Če bi uničili še to, bi lahko Pearl Harbour kot oporišče preprosto odpisali. Nekateri japonski piloti so predlagali admiralu Nagumu, naj dovoli še tretji napad, ta pa je to odklonil. S tem napadom bi lahko uničili vse, kar so v prvih dveh izpustili. A po bitki je lahko biti general. Nagumo je vsekakor bil na nasprotnikovi strani oceana 6.000 kilometrov od domovine, ne da bi vedel, kje so nasprotnikove letalonosilke in ali se ne zbirajo podmornice. Zdelo se mu je najbolje, da potem, ko je sovražniku že zadal udarec, svoje ladjevje umakne v varnejše vode.