Skoraj ne mine dan, da Clinton ne bi objavil novega predsedniškega odloka o zveznih ozemljih, na katerih ima veliko več avtonomije kakor na območjih, ki so v lasti posameznih držav. Večina odlokov je povezana z zaščito okolja. Z eno samo potezo svojega nalivnega peresa je tako zaščitil gozdove, ki so v državni lasti, in v njih prepovedal gradnjo cest in sekanje dreves. Površina gozdov je večja od skupne površine vseh dosedanjih ameriških nacionalnih parkov. Hkrati je izdal vrsto ukazov o zaščiti voda, prepovedi črpanja nafte na zaščitenih ozemljih in številnih drugih ekoloških projektih, ki jih med svojim mandatom ni mogel spraviti skozi kongres, v katerem so imeli večino republikanci. Večina potez je v diametralnem nasprotju z napovedano ekološko politiko njegovega naslednika Georgea Busha .