Med poglavitna dela akademika Jožeta Pogačnika sodi kardinalna študija o motivu Lepe Vide v slovenski literaturi ( Slovenska Lepa Vida ali hoja za rožo čudotvorno, 1988), nekakšna sinteza njegovih teoretičnih stališč pa je knjiga Ponoreli kompasi (1994). V zadnjem eseju avtor analizira svoje obsežno delo na področjih slavistike, slovenistike, jugoslovanske komparativistike in poudarja pomen posredništva med slovensko in drugimi južnoslovanskimi književnostmi. Nadalje ugotavlja, da mu je življenje in raziskovalno delo v teh prostorih omogočalo drugačne poglede na slovenski svet. V odnosu do matičnega prostora se čuti kar nekaj grenkobe in užaljenosti, češ da ga ta prostor, iz katerega je bil prisiljen oditi, ne upošteva po zavzetosti in pomenu njegovega dela. V zvezi s tem vprašanjem, ki se je v zadnjih letih avtorjevega delovanja na akademiji nekoliko omililo, bo ob obravnavi tako biografije kot Pogačnikovega skoraj nepreglednega dela neizogibno treba upoštevati tudi subjektivne vzroke in motive za odločitve, ki jih avtor v tem eseju zgolj v obrisih navaja predvsem kot posledico delovanja »vrste ljudi, ki je menila, da lahko odloča o življenjski in poklicni poti drugih, in si je na različne načine prizadevala, da me zmanjša in celo uniči«.