Bolezen, ki jo povzroča E. coli, lahko potrdimo z osamitvijo bakterije iz krvi, možganske tekočine ali iz materiala, ki ga dobimo z igelno aspiracijo ognojka oziroma z osamitvijo iz drugih telesnih izločkov. Ker je E. coli normalno navzoča v človeškem blatu, je določanje patogenosti te bakerije pri bolniku z vnetjem črevesja problematična. Ena izmed hitrih metod prepoznavanja bakterij je barvanje preparata po Gramu, vendar ta metoda E. coli ne razlikuje dovolj natančno od drugih po Gramu negativnih bakterij. Novejše metode, ki uporabljajo tehniko pomnoževanja nukleinskih kislin oziroma polimerazno verižno reakcijo (PCR), veliko obetajo. Po podatkih japonskih strokovnjakov iz leta 1996 je bila metoda PCR zanesljiva pri določanju EPEC in EAEC. Zaradi vedno večje odpornosti E. coli proti nekaterim antibiotikom in kemoterapevtikom, je ob osamitvi bakterije pomemben tudi test občutljivosti za antibiotike, saj je podlaga pri predpisovanju zdravljenja. Na voljo imamo številne antibiotike, ki vplivajo na E. coli, med njimi trimetoprim/sulfametoksazol, fluorokinolone, aminopeniciline in cefalosporine vseh generacij. Trajanje zdravljenja je prilagojeno stopnji bolezni. Pri nezapletenih okužbah spodnjih sečil je dovolj tridnevno zdravljenje, ko pa gre za hujša vnetja zgornjih sečil, spremljana s številnimi zapleti, je včasih potrebno tudi tritedensko zdravljenje. Ker je pri različnih sevih E.coli možnost povzročitve bolezni različna, se lahko pri nekaterih ljudeh okužba pojavi, pri drugih pa ne. Bolniki, ki so telesno manj odporni, so tudi veliko bolj dovzetni za okužbo z E. coli.