Ena temeljnih sestavin škofovanja Gregorija Rožmana je bil odločen boj proti komunizmu, ki se je poznal tudi preko podpore Katoliški akciji, med njenimi organizacijami pa je bil še posebej naklonjen brezkompromisnim Mladcem Kristusa Kralja in akademskemu klubu Straža. Ko sta si ob začetku vojne ljubljansko škofijo razdelila italijanski in nemški okupator, so Italijani župnike pustili v župnijah, Slovencem pa obljubili kulturno avtonomijo. Aprila 1941 je Rožman obiskal visokega komisarja italijanskih okupacijskih oblasti Emilia Graziolija in mu izrazil lojalnost (Enciklopedija Slovenije). O izjavi, s katero je izrazil lojalnost, obstaja dvom; vendar le v tonu, ne pa v načelni vsebini. Obe verziji namreč pomenita priznanje aneksije, kar pa pomeni, da je Rožman s tem storil dejanje nedopustne kolaboracije s sovražnikom (dr. Janko Pleterski). Tudi o tem, ali je bila Rožmanova nadaljnja kolaboracija (z Nemci) dopustna ali ne, obstajajo različna tolmačenja, nedvomno pa je bil prav Rožman tisti, ki je nemškim oblastem svetoval, naj za predsednika pokrajinske uprave imenujejo Leona Rupnika (dr. Janko Pleterski). Kljub temu, da je na razpolago veliko dokumentov in slikovnega materiala, se predvsem zadnje čase z nekaterimi zgodovinskimi dejstvi poskuša takratne Rožmanovo ravnanje predstaviti v drugačni luči (predvsem s knjigo Rožmanov proces, T.Grieser-Pečar, F. M. Dolinar). Tako naj bi bil nepojasnjen odnos do nemških okupacijskih oblasti in do domobrancev pod vodstvom generala SS Rösenerja. Stike z OF in njena opozorila je Rožman zavračal. Leta 1945 je Rožman zapustil Slovenijo in se v končni fazi naselil v ZDA. Papež Pij XII. je Rožmanov odstop zavrnil, vendar pa ga tudi ni hotel sprejeti v avdienco. Na procesu je bil v odsotnosti obsojen na odvzem prostosti za dobo 18 let, izgubo državljanskih pravic za 10 let in izgubo premoženja (sodba 117/46-10). Kazen nikoli ni bila izvršena.