vrhunec marca lani, ko je odstavil predsednika vrhovnega sodišča. Ker slednji ni želel zapustiti položaja, je končal v priporu. Še istega meseca so se zato v Islamabadu, Lahoreju, Karačiju in drugih velikih mestih začeli protesti, ki so do maja prerasli v množične ulične nemire. V njih je v strelskih obračunih s policijo umrlo štirideset ljudi. V začetku julija je skupina militantnih klerikov v Rdeči mošeji zajela večje število talcev, predvsem študentov in skupino mlajših deklet, in Mušarafu postavila svoje zahteve. Kljub temu, da je najprej kazalo, da bo prišlo do dogovora, je nazadnje prišlo do vojaške operacije, v kateri so bili talci nazadnje osvobojeni, ugrabitelji pa večinoma pobiti. Nekaj tednov po dogodkih v Rdeči mošeji se je v Pakistanu razširila vest, da namerava Mušaraf v državi »zaradi notranjih in zunanjih groženj« razglasiti izredno stanje. Po 17-minutnem telefonskem pogovoru z ameriško državno sekretarko Condoleezo Rice je Mušaraf svojo odločitev preložil. Nekaj tednov kasneje je razglasil, da namerava kljub temu, da je Osama bin Laden v tem času med Pakistanci postal bolj priljubljen kot njihov predsednik, ponovno kandidirati za predsednika. Tretjega novembra lani je odstopil z mesta poveljnika pakistanske vojske, na katerega je imenoval svojega lojalnega naslednika, preklical ustavo, vojsko v Islamabadu poslal v zgradbo vrhovnega sodišča, kjer je zajela in v hišnih priporih zadržala številne sodnike, in v državi uvedel izredno stanje. Dal je zapreti vse neodvisne televizijske in radijske postaje, razen državne televizije, nad katero je nadzor prevzela vojska, in dal v Islamabadu za nekaj časa prekiniti vse stacionarne in mobilne telefonske povezave. V svojem televizijskem nastopu je ljudem nekaj dni kasneje pojasnil, da se je za te ukrepe odločil, da bi državo obvaroval pred terorizmom ter v propadajoči ekonomiji zavaroval nacionalne interese.