Afere v tožilskih vrstah, ki so se začele kopičiti predvsem v zadnjem obdobju, so pokazale, da Cerarjeva le ni bila povsem kos razmeram na tožilstvu oziroma da ji je pravzaprav primanjkovalo menedžerskih sposobnosti, ki jih generalni državni tožilec brez dvoma mora imeti. Predvsem pa je imela prenežno roko. Tako se na primer tožilci in policisti že leta neuspešno spopadajo z gospodarskim kriminalom. Voza jim nikakor ne uspe premakniti naprej ter se mučijo in mučijo z iskanjem vzrokov. Potem pa tik pred zdajci Cerarjeva izdavi priznanje, da se je samo v omarah vodje oddelka za gospodarski kriminal ljubljanskega tožilstva Mirana Železnika z leti nabralo več kot sto spisov. Gre za tožilca, ki je imel ves čas tesne stike s Cerarjevo (in ki so ga nekateri, celo iz nekdanjega vrha policije, potiskali na mesto direktorja policije), zato se vsiljuje vprašanje, kako to, da se generalna državna tožilka doslej ni vprašala, kaj tožilec počne z najodmevnejšimi gospodarskokriminalnimi zadevami, ki so mu bile zaupane. A če se ne bi zganili policisti, ki so pobesneli zaradi prišepetavanja najbolj varovanih informacij na ušesa operativno zanimivih oseb, je vprašanje, koliko časa bi na ljubljanskem tožilstvu Cerarjeva še dopuščala nered. Tako kot tudi po treh letih še vedno ni poskrbela, da bi bila nekdanjemu ptujskemu tožilcu Marjanu Glavarju dokazana domnevna skorumpiranost, na katero je v svojem javnem linču opozarjala Cerarjeva. Poleg tega njeni tožilci niso prevzemali nobene odgovornosti za svoje napačne strokovne odločitve (na primer v zadevi Lončarič), zato pa se jih je lotila spet po tem, ko so jih drugi zalotili, kako se vinjeni zaletavajo v ulične svetilke. Spet druge tožilce pa je na vso moč silila, naj spišejo obtožnice (v razvpitih primerih Rdečega križa in SIB banke), čeprav je vedela, da bo zaradi prepoznega ukrepanja sume o obstoju kaznivih dejanj na sodišču nemogoče dokazati. Pri tem pa je včasih pozabila na lastne besede, da tožilec pri svojem delu ne sme upoštevati politike, še več, vzela si je celo čas za kavo s kakšnim funkcionarjem, ki je v zadnjem času tarča obtožb o skorumpiranosti, in mirila podrejenega tožilca, naj bo vendarle malo bolj milosten. Poleg tega pa je nemalokrat pod pritiskom javnosti obljubljala preveč in razkrivala podatke iz predkazenskega postopka (zadnji primer je afera Orion), kar ovira tako policijsko kot tožilsko delo.