Maja 1990 je njegova kongregacija predstavila prvi osnutek nove izdaje splošnega katekizma katoliške cerkve. V njem je zagovarjala papeško nezmotljivost in implicitno zavrnila približevanje drugim verskim usmeritvam in veroizpovedim, za kar je dal spodbudo drugi vatikanski koncil. V njem so obsodili umetno kontrolo rojstev, splav, predzakonske spolne odnose in evtanazijo. Ločitev so ožigosali kot nemoralno, samozadovoljevanje obsodili kot moralno nizkotno, homoseksualnost kot izrojenost. Ko so se do osnutka katekizma, ki so ga poslali škofom po vsem svetu, dokopali tudi mediji, so ga precej soglasno označili za korak nazaj od drugega vatikanskega koncila. Ratzinger se na to ni oziral. Znotrajcerkveno opozicijo je z roko v roki s papežem Wojtylo vnaprej utišal z dokumentom Duhovna poklicanost teologa. V tem besedilu ni obsodil le odpadnikov v ožjem smislu, zapisal je, da se javna opozicija proti predstojništvu prav tako imenuje odpadništvo.