Za digitalno podpisovanje obstaja več različnih metod in oblik podpisov. Izbira metode je odvisna od zahtev uporabnika ali širšega okolja, dejansko pa se danes večinoma uporabljata le algoritem RSA v kombinaciji z enosmernimi zgoščevalnimi funkcijami in metoda DSS (Digital Signature Standard). Obe metodi najdemo v številnih programih za varno elektronsko pošto in protokolih za zaščito podatkov v svetovnem spletu (SSL ali TLS) ali na omrežni ravni (IPsec). V zadnjem času se v ospredje vse bolj prebijajo tudi metode na podlagi eliptičnih krivulj, na primer ECDSA. Prednost slednjih je v tem, da jih lahko učinkoviteje izvedemo, pa tudi ključi so ob enaki stopnji varnosti manjši, zato so še posebej primerne za okolje, v katerih je problem velikost pomnilnika. V nadaljevanju na kratko poglejmo, kako poteka digitalno podpisovanje in preverjanje podpisov z algoritmom RSA v kombinaciji z enosmernimi zgoščevalnimi funkcijami (slika). Enako kakor pri šifriranju z asimetričnimi algoritmi ima uporabnik dva ključa; zasebni je znan le njemu, javni pa komur koli. Ključa sta med seboj tako povezana, da podpis dokumenta, ki smo ga naredili z enim ključem, lahko preverimo samo z drugim ključem iz para. Obenem nihče razen lastnika ne more brez dodatnih skritih informacij določiti drugega ključa, če pozna le enega od njiju. Algoritem RSA ima to lastnost, da je isti par ključev mogoče hkrati uporabljati za šifriranje in digitalno podpisovanje (z DSS šifriranje ni mogoče), vendar to ni priporočljivo, ker se varnostne zahteve v obeh primerih precej razlikujejo. Zasebni ključ za podpisovanje mora izdelati in poznati le njegov lastnik, saj le tako lahko podpis dejansko določa podpisnika. V primeru ključev za šifriranje je zadeva drugačna. Zasebni ključ tam ne prepozna subjekta, ampak omogoča dostop do kodiranih podatkov, zato ga lahko pozna več subjektov. V podjetjih je celo nujno, da se ključi zaposlenih za odšifriranje varno shranijo, saj je le tako mogoče obnoviti podatke, če se zaposlenemu kaj zgodi, če zamenja službo ali le pozabi geslo za dostop do ključa. Vsakdo naj bi zato imel vsaj dva para ključev, enega za digitalno podpisovanje, drugega pa za šifriranje in izmenjavo ključev za simetrične kriptografske algoritme.