Nasprotja v Cerkvi so starejšega datuma. Na bazelskem cerkvenem zboru je leta 1431 oglejski patriarh Ludvik II. postal vodja opozicije proti papežu. Ta opozicija si je hotela prisvojiti sodno in upravno pravico, kar pomeni, da je uvajala v Cerkev prvine posvetne in fevdalne oblasti. Človek, pod čigar jurisdikcijo so spadali vsi štirje arhidiakonati slovenskega ozemlja južno od Drave (kranjski, dolenjski, savinjski in koroški), je s tem uradno priznal obstoječe stanje. Ljubljanska cerkvena sinoda je že 17. junija 1448 ugotovila nekaj značilnosti cerkvenega življenja v deželi: konkubinat, krčmarstvo po župniščih, lov in igre s kockami, opuščanje liturgičnih obredov, prizanašanje prešuštnikom zaradi materialnih koristi, odveza grehov proti plačilu, laično prisvajanje cerkvenega premoženja in razvade v zakonskem življenju. Ustanovitev ljubljanske škofije (1461) v tem smislu ni mogla zavreti razvoja. Zbor deželnih odposlancev vseh avstrijskih dežel v Innsbrucku (1518) in oznaka stanja v pismu kranjskih deželnih stanov (1566) sta samo potrdila zlorabe v Cerkvi. Kumulacija cerkvenih služb v roki ene osebe, neizpolnjevanje dolžnosti rezidencije, kupčevanje s cerkvenimi beneficiji, pomnožitev duhovnikov, ki so bili nevedni in nedelavni, vse to je pri vseh vzbujalo negodovanje. Plemstvo se je želelo polastiti cerkvenega imetja, da bi sebi povečalo gospodarsko moč. Meščani so se bojevali proti Cerkvi, ker je motila skladno rast njihovih političnih pravic. Najbolj prizadeti so bili kmetje, ki so bili neposredno zainteresirani za revno Cerkev. Nanjo se je opiral edinole deželni knez, za katerega je pomenila pomemben vir dohodkov in zaveznika v boju proti deželnim stanovom.