Vodiška afera je pustila za seboj polno nejasnosti, »na primer glede tega, ali so cerkveni dostojanstveniki vedeli, da je Johanca sleparka oziroma histerična ženska. Očitali so jim, da niso dovolj skrbno preiskali Johančinih 'svetniških' metod in da so ji nasedli prav tako kot dobršen del vernih ali radovednih obiskovalcev. Klerikalcem so očitali, da želijo ustvariti romarsko pot po vzoru sv. Bernardke iz Lurda. Še huje pa je bilo, da je cerkveni vrh o njeni slepariji molčal in celo dovoljeval, da se je škandalozna prevara skoraj leto dni dogajala v vodiškem župnišču, kar je bila seveda ena najostrejših obtožb, ki so prihajale iz liberalnega tabora. Sum o sodelovanju v verski goljufiji je doletel vsakogar, ki je imel z Johanco kakršnekoli stike – od reških kapucinov, vodiškega župnika, salezijancev z Rakovnika, ki naj bi bili od Johance oziroma tistih, ki so ji nasedli, dobili največ denarja, vse do knezoškofa Jegliča. Slednjega so liberalci sovražili, odkar je zavrnil možnost za spravo med katoliškim in liberalnim taborom, in tako so zanikali tudi vsa njegova prizadevanja za duhovni, gospodarski, politični, socialni in kulturni napredek Slovencev.