Ker je pogosto prišel v spor z lokalnimi oblastmi, je bil prestavljen med Čipeve ob Gornjem jezeru. Načina dela ni spremenil. Še naprej se je bojeval proti izkoriščanju in predvsem alkoholu, ki je postajal med Indijanci vse bolj priljubljen in zaradi njihove neodpornosti zelo nevaren. Napisal je tudi prvo slovnico katerega koli indijanskega jezika in pozneje še čipevško-angleški slovar. Pripravil je tudi več izdaj čipevskih nabožnih knjig. Baraga je umrl leta 1868. Cerkvena zgodovina v njegovem življenjepisu navaja, da je prekrstil okoli 25.000 Indijancev, za svet pa je pomembnejše njegovo narodopisno in jezikoslovno delo, ki je takrat pripomoglo k realnejšemu poznavanju Indijancev.