Po protireformaciji, ki je zatrla protestantsko gibanje, so se začeli evangeličani v Ljubljani znova organizirati šele na začetku 19. stoletja, sto let po tolerančnem patentu Jožefa II. Cerkev so zgradili v petdesetih letih prejšnjega stoletja. Ker so bili verniki predvsem nemški in švicarski obrtniki, ki so se v 19. stoletju naseljevali v Ljubljani, je bila po drugi svetovni vojni zasežena kot »imetje nemškega rajha«, v njenih prostorih pa je bila nekaj let mizarska delavnica. »To je nesmisel,« je dejal ljubljanski evangeličanski duhovnik Geza Filo in pristavil, da cerkev nikoli ni bila nemška last. Šele leta 1992 je na temelju zakona o denacionalizaciji Evangeličanska cerkvena občina Ljubljana spet postala njena lastnica.