Vendar tudi agresivno stopnjevanje vodstva Cerkve pri nadomeščanju spoštljive ponudbe z grobim vsiljevanjem ni od včeraj. Še pred imenovanjem nadškofa Rodeta se je Cerkev poskušala dogovarjati s predstavniki države v mešani krovni komisiji. Štiriletno sestankovanje se je končalo z zanemarljivimi rezultati. Po formalni spremembi leta 1997, ko sta bili namesto prejšnje skupne ustanovljeni dve pogajalski komisiji, vladna in cerkvena, so se pogovori nadaljevali, pričakovanja so zrastla, rezultati pa so ostali bolj ali manj enaki. Cerkev je bila sicer vključena v »snovanje pedagoškega koncepta šole«, kot se je na začetku glasila njena zahteva, vendar se je njeno ponujeno sodelovanje z državo prekinilo, ko je Cerkev zahtevala še neposreden vstop v državne šole. Poleg tega so neslavno propadla velikopotezna dogovarjanja glede denacionalizacije, podobno usodo pa doživlja tudi predvideni mednarodni sporazum med Slovenijo in Svetim sedežem. Ves ta čas je Cerkev opozarjala predstavnike oblasti, da zaradi zgodovine, vpliva, razširjenosti itd. ne more biti formalistično suhoparno izenačena z vsemi ostalimi verskimi skupnostmi, kot ji je ta položaj določil že leta pripravljeni in še vedno ne sprejeti zakon o verskih skupnostih. S tem ko je vlada imenovala svojo komisijo za dogovarjanje s Cerkvijo, ji je privilegirani položaj sicer priznala, vendar tega nikoli ni znala utemeljiti. Iz zadrege se je reševala z brezbrižnostjo v praksi. Najbolj nazorno je to dokazala, ko je za vodjo vladne pogajalske skupine pri pripravi besedila sporazuma s Svetim sedežem imenovala državnega podsekretarja iz zunanjega ministrstva, medtem ko je močno cerkveno ekipo vodil apostolski nuncij. Zaradi blamaže z besedilom sporazuma se vladna in cerkvena komisija dobro leto po zadnjem sestanku še vedno ne dogovarjata.