Sredi septembra so se začeli po strmem gozdnatem terenu vzpenjati v gore Bitterroot Mountains, ki so jih v dnevniku opisali kot »najbolj grozne gore«, ki so se »nadaljevale kakor daleč je neslo oko«. Zaloge hrane so kopnele in padati je začel sneg. Nič čudnega torej, da je Clark dal rečici, ki so jo prečkali, ime Hungry Creek (Lačni potok). Po slabih dveh tednih so močno sestradani prispeli do Indijancev plemena Nez Percé v bližini današnjega kraja Weippe v Idahu, kjer so možje zboleli od prenajedanja z lososi in gomolji rastline camas. Indijanski poglavar jih je naučil, kako se uporablja ogenj pri izdelavi kanujev iz borovih debel. Na začetku oktobra so si tako že izdelali pet novih kanujev, s katerimi so se odpravili navzdol po reki Clearwater in tako prvič po odhodu iz St. Louisa zapluli v smeri vodnega toka.