Peter Peterka je na seji komisije v svoji obrazložitvi dejal, da mora Lukšič sprejeti odgovornost za svoje moralno sporno dejanje. Lukšičevo ravnanje se mu zdi nesprejemljivo z vidika demokratičnosti in človekovih pravic, metode prisluškovanja in zalezovanja pa po mnenju Peterke sodijo v neki drug čas. Lukšič je v svojem dolgem zagovoru zanikal, da bi se na raziskavo pritožili verniki ali študentje FDV, poleg tega po njegovem mnenju ni šlo za raziskavo, ampak za pedagoški proces, univerza pa ima zato edino pristojnost, da o tem razpravlja, saj je avtonomna. Lukšič je tudi menil, da je šlo pri peticiji za vrnitev zagona SDS in vladi po predsedniških volitvah. Po njegovo je šlo za vprašanje, ali bo SDS uspelo v Sloveniji vzpostaviti avtoritarno vladavino ali pa se bo proces obrnil v nasprotno smer.