Swissmetro s svojo drugačnostjo in inovativnostjo odpira precej novih tehničnih izzivov in problemov. Največji je morda predor. Tehnologija maglev odpravlja trenje med vlakom in podlago, zato ostaja le še upor zraka. V normalnih okoliščinah lahko uporu zraka kljubujemo le z aerodinamično obliko vozila; letala lahko letijo na večjih višinah, kjer je zrak redkejši; če pa je celotni sistem postavljen pod zemljo v predor, lahko zrak izčrpamo iz sistema in dobimo zmanjšan zračni tlak, kar neposredno vpliva na zmanjšanje zračnega upora. Bolj ali manj je znano delovanje hitrih vlakov v predorih, vendar bo treba še preučiti, kako se bo vedla zračna masa v popolnoma zaprtem sistemu, v katerem se bodo gibali vlaki s hitrostjo okoli 500 km/h. Na površju z gibanjem zračnih mas ni posebnih problemov. Zrak se ob vlaku zgosti in se mu s tem umakne. V predoru pa se mora zračna masa umakniti ob straneh vlaka, če je za to dovolj prostora; v nasprotnem primeru se umika pred vlakom oz. potuje kot nadtlačni val pred vlakom. Taki nadtlačni valovi pred vlakom in podtlačni za vlakom bi zelo motili oz. kar onemogočili delovanje celotnega sistema. Kdaj pride do tega pojava, da se zračna masa nima prostora umakniti vlaku, je določeno s faktorjem upora (faktor upora = prerez vozila / prerez predora). Premer vozila je že določen na 3 m. Pri klasičnih predorih, kjer zračna masa steče ob vlaku, je faktor upora od 0,14 do 0,17. Da bi dosegli take vrednosti, bi moral biti premer predora pri Swissmetroju okoli 20 m, kar bi ceno gradnje dvignilo čez vse razumne meje. Delni vakuum v predoru omogoča zmanjšanje težav s premikanjem zračne mase in hkrati ohranja majhen premer predorske cevi. Tlak v predoru bo predvidoma od 100 do 250 kPa (10 do 25 % normalne gostote zraka). Pri delnem vakuumu je zračna masa redkejša in se lažje umakne ob strani vlaka tudi takrat, ko ima za to manj prostora -- manjši prerez predorske cevi. Točno razmerje med prerezom predora in tlakom v predoru bo treba še določiti na podlagi računskih modelov in pravih modelov v pomanjšanem merilu. Dejavniki, ki bodo vplivali na to, so: cena gradnje predora, delni vakuum, varnost, za vzdrževanje delnega vakuuma potrebna energija, aerodinamika vlaka, akumulacija toplote. Notranji prerez predorske cevi bo po današnjih predvidevanjih približno 5 m. Delni vakuum v sistemu bo treba seveda vzdrževati s stalnim izčrpavanjem zraka. Znižan tlak v predoru narekuje drugačen pristop h gradnji samega predora, ker ne sme prepuščati zraka; prav tako ne sme do tega priti na postajah, ki morajo omogočiti potnikom vstop v vlak pri atmosferskem tlaku.