Ob obali, kjer je zdaj Koper, so skoraj zagotovo v helenski dobi pluli grški trgovci. Verjetno so oni južno od ustja reke Rižane ustanovili naselje Aegida, toda zametek današnjega Kopra na otoku so ustvarili Rimljani. Kraju so nadeli ime Capris, ker so bile na otoku staje za koze. Na gospodarski razvoj kraja sta ugodno vplivala že omenjena cesta iz Ogleja proti Poreču (lat. Parentium) in Pulju ter sistem rimskih obrambnih zapor na Krasu, ki ga je bilo treba oskrbovati. V 6. stoletju so Capris zasedli Bizantinci, ga preimenovali v Iustinopolis in ga dodobra utrdili, da bi služil kot obrambna postojanka pred Obri in Slovani, ki so vdirali v Istro. Leta 524 naj bi bil po izročilu posvečen tudi prvi koprski škof Nazarij, ki je danes zaščitnik mesta. V 8. stoletju so prišli Franki in prinesli fevdalizem, Slovani pa so se takrat že intenzivno naseljevali v zaledju obale in kmalu prišli vse do morja. Koper je takrat formalno pripadal nemškim mejnim grofom iz Istre, toda vodilni mestni možje so se kljub temu povezali s čedalje močnejšo Beneško republiko, da bi pred gusarji zavarovali svoje trgovske in pomorske zveze. Leta 1208 so oblast prevzeli oglejski patriarhi in mesto poimenovali Caput Histriae (Glava Istre). Začelo se je burno obdobje sporov med Oglejem in Benetkami za vpliv v mestu. Kljub temu je Koper v naslednjih desetletjih zelo napredoval: zgradili so mestno obzidje, v središču naselja pa so že stale triladijska bazilika, prvotna loža (loggia) ter stavbi civilne in vojaške oblasti.