Zgodba Poslednjega samuraja je postavljena v obdobje japonske državljanske vojne. V čas, ko so umirali še zadnji samuraji in ko je bil mladi japonski cesar samo okorna lutka v rokah spletkarskih ministrov in svetovalcev. Nathan Algren (Tom Cruise) je napol propadli ameriški vojak, ki boleha za neke vrste 'vietnamskim' sindromom. Še vedno namreč podoživlja krvave pokole Indijancev in je torej eden tistih, ki ne priznava edine pravoverne verzije patriotske vojne za osvojitev ameriškega Zahoda. Dovzeten za šelestenje bankovcev ponovno obleče uniformo za boj proti japonskim upornikom oziroma odpadnikom, ki nasprotujejo japonskemu uklanjanju imperialnim velesilam. Nič novega torej, saj vemo, da je ameriška vojska vedno pripravljena priskočiti na pomoč pri reševanju 'tujih problemov', kajne? A vse skupaj se obrne v popolnoma drugo smer, ko se Nathan kot ujetnik komajda živ znajde v zakotni japonski samurajski vasici. Čas, ki ga ima na voljo, ta inteligentni mož uporabi za spoznavanje nove kulture in drugačnega načina življenja, ki ga vedno bolj privlači. Lahko bi rekli, da ga svet, v katerem je lestvica vrednot tako drugačna kot v materialistično zlagani zahodnjaški civilizaciji, počasi zasvoji. Potopi se v vzhodnjaško filozofijo, kjer so daleč pred denarjem - in tudi smrtjo! - čast, zvestoba in ljubezen. Najde novega prijatelja v vodji samurajev in zadnjemu cesarju vdanemu bojevniku, Katsumotu, ter se prepusti lirično platonski ljubezni do prelepe vdove.