Čakal jih je še najtežji del navigacije, plovba po kanalu sv. Anteja, saj je tistega dne pihala močna burja, ki je dosegala moč 7 boforov in več. Ladje so vplule v kanal brez večjih težav. Kmalu zatem je poveljnik skupine zaradi burje in močnega toka ukazal povečano previdnost in zmanjšal hitrost ladje. Rušilec Beograd je brez večjih težav prvi priplul v pristanišče, posadka pa se je že veselila snidenja s kolegi in številnimi meščani. Kmalu zatem je tudi Ljubljana priplula do kritičnega dela kanala. Ladja je zaplula le nekaj metrov od svetilnika sv. Križ. Poveljnik je ukazal oster obrat v levo, vendar je takoj zatem močan sunek burje ladjo potisnil proti desni strani kanala. Ladjo je zaradi burje in ostrega manevra s krmo zaneslo na desno v neposredno bližino obale, ko je že bila na samem izhodu iz kanala. Kapitan je strojnikom nemudoma ukazal: "Z vso močjo naprej!" Motorji so zarohneli in ladja se je z zadnjimi močmi poskušala izviti iz smrtne pasti. Kljub krčevitim poskusom kapitana Ahlina in krmarja je bila nesreča ponosa kraljevske mornarice neizbežna. Ljubljana je z desnim krmnim bokom silovito treščila v čeri prav pred vilo Moj mir in nadaljevala plovbo proti pristanišču. Ura je bila 17:05. Ljubljani je takoj zatem sledil rušilec Zagreb in kazalo je že, da bo katastrofa še večja. Vendar je poveljnik Zagreba s spretnim manevrom srečno obšel Ljubljano in varno priplul v pristanišče. Na Ljubljani se medtem še niso zavedali vseh posledic udarca. Voda je začela vdirati v krmni del ladje, kjer sta bila krmarski stroj in strojnica levega vijaka. Zaradi poškodbe desnega vijaka, ki ga je poganjala parna turbina, nameščena v sprednji strojnici, so se pojavile močne vibracije. Levi vijak je bil nepoškodovan, vendar je strojnico v zadnjem delu ladje že začela zalivati voda. Tako sta bila prizadeta oba pogona. Ladjo je zares spremljala neverjetna smola. Sprednja, nepoškodovana turbina je poganjala poškodovani vijak, nepoškodovani pa je bil vpet na zalito turbino. Ladja je kljub silovitim vibracijam počasi nadaljevala plovbo z desnim, poškodovanim vijakom in s težavo priplula do srede zaliva, kjer se je kdo bi vedel zakaj zasidrala!? Ob 17:25 je na ladjo že prispel poveljnik eskadre, kontraadmiral Armin Pavič. Vendar pa ladji ni bilo več pomoči. Voda je medtem zalila tudi sprednjo strojnico, zato se je ladja vse hitreje nagibala na levo stran. Mornariška vlačilca R 16 in R 33, ki sta bila v pristanišču, ladje nista mogla privleči do obale, saj je bila ladja že zasidrana, polna vode in močno nagnjena na levo stran. Vlačilca sta lahko le vkrcala posadko ladje in nemočno opazovala, kako Ljubljana počasi izginja v modrino. Pri reševanju posadke so sodelovali tudi čolni poveljniške ladje Zmaj in parni tender Brodarske, ki je z največjo hitrostjo priplul do kraja nesreče. Ljubljana se je potopila ob 18:15. Njena agonija, ki je potekala pred elitno publiko, je trajala dobro uro.