Od leta 1979 naprej so se Sovjeti in nato Rusi s svojimi muslimanskimi sosedi na jugu zapletli v tri pomembne vojne na prelomnicah: afganistansko vojno med letoma 1979 in 1989, njeno nadaljevanje v Tadžikistanu, ki se je začelo leta 1992, in v čečensko vojno, ki se je začela leta 1994. Po sesutju Sovjetske zveze je v Tadžikistanu na oblast prišla komunistična vlada. Spomladi leta 1992 jo je izzvala opozicija, sestavljena iz nasprotnih regionalnih in etničnih skupin, med njimi tudi sekularistov in islamistov. Ta opozicija, ki jo je podprlo orožje iz Afganistana, je septembra leta 1992 prorusko vlado pregnala iz prestolnice Dušanbe. Ruska in uzbekistanska vlada sta se odločno odzvali in opozorili pred širjenjem islamskega fundamentalizma. Ruska motorizirana pehotna divizija št. 201, ki je ostala v Tadžikistanu, je provladnim silam zagotovila orožje, in Rusija je poslala še dodatne čete, da zavarujejo mejo z Afganistanom. Novembra leta 1992 so se Rusija, Uzbekistan, Kazahstan in Kirgizistan Kirgizija dogovorili za rusko in uzbekistansko vojaško posredovanje, domnevno za vzdrževanje miru, dejansko pa za sodelovanje v vojni. S to podporo plus ter z ruskim orožjem in denarjem so sile nekdanje vlade bile sposobne spet zavzeti Dušanbe in vzpostaviti nadzor nad večino države. Sledil je proces etničnega čiščenja, opozicijski begunci in vojaki pa so se umaknili v Afganistan.