Čeprav v zakonu o skladu kmetijskih zemljišč in gozdov ni najti neposredne pravne podlage za upravljanje stavbnih zemljišč, ta, kot ugotavljajo revizorji, upravlja tudi več nezazidanih stavbnih zemljišč, pridobljenih v postopku spremembe prostorskih aktov lokalnih skupnosti, s katerimi se je namenskost posameznih kmetijskih zemljišč spremenila v stavbna. Pri cenitvah zemljišč, prodanih za gradnjo cestne in železniške infrastrukture, so jih zbodle zelo velike razlike vrednosti kvadratnega metra stavbnega zemljišča, ki jih je kupovala država, cenitve (po več za ista zemljišča), ki so jih mimo določb uredbe naročali pri sodnih cenilcih, pa so se tudi metodološko med seboj razlikovale. Posebej so opozorili na prodajo zemljišč fizičnim osebam na Obali nad Izolo in Ankaranom ter v Kopru, po cenah, ki so bile precej nižje od tržne. V prvih dveh navedenih primerih so nizke cene (50 evrov za kvadratni meter parcele s pogledom na morje nad Izolo in dobrih 29 oziroma 20 evrov za kvadratni meter parcele s pogledom na morje nad Ankaranom) revizorjem nerazumljive tudi zato, ker je šlo za legalizacijo črnih gradenj, ki sta jih brez dovoljenja postavila nekdanja zakupnika zemljišč sklada in jih pozneje legalizirala, parceli pa nato odkupila po štirikrat nižji ceni od tržne.