Zadnja, najbolj vroča etapa v aferi Sova se je začela sredi junija, ko je Dnevnik (nekateri pravijo, da to ni bilo naključje) objavil novico, da je Sova leta 2004, v času, ko so se dogajali največji incidenti med Slovenijo in Hrvaško, prisluškovala hrvaškemu premierju Ivu Sanaderju. Pri tem naj bi bili Sovini agenti ujeli tudi njegove pogovore s takratnim vodjo slovenske opozicije Janezom Janšo. Zadevo je še dodatno zapletel opozicijski poslanec Anton Rop, ki je za nacionalno televizijo – menda potem, ko je že mislil, da so mikrofoni izklopljeni – izjavil, da mu je Sova kot predsedniku vlade poročala, naj bi se bila Janša in Sanader po telefonu dogovarjala o namernem povzročanju incidentov v Piranskem zalivu. Rop je dejal: »Prisluhi so bili v zvezi z incidenti v Piranskem zalivu in tam se vidi, da je slovenska stran bila dogovorjena s hrvaško stranjo. Hrvaška vlada je v bistvu dajala direktive, kdaj in kako naj bo incident … Janša in Sanader sta se torej pogovarjala, kdaj bo kakšen incident v Piranskem zalivu.« Na novico o prisluškovanju Sanaderju se je že naslednji dan odzvala hrvaška vlada in v diplomatski noti od Slovenije zahtevala, naj ji pojasni zadevo s prisluškovanjem. Hrvaško zunanje ministrstvo je v noti zapisalo, da je absolutno nedopustno prisluškovati vodji opozicije, še bolj pa je premierju sosednje države, Takšne dejavnosti po njihovem prepričanju škodijo odnosom med državama. Hkrati s hrvaško vlado se je oglasil tudi Sanader. Glede prisluškovanja njemu in Janši je dejal, da je Sova najverjetneje prisluškovala Janši, sam pa je bil pri tem le t. i. kolateralna škoda, Ropove navedbe, naj bi se bila z Janšo dogovarjala o incidentih v Piranskem zalivu, pa je označil kot največjo neumnost, ki jo je kdaj slišal v svoji politični karieri.