Isti prijem je veljal tudi ob drugi veliki osi njegovega oblikovanja Ljubljane, oblikovanje prostora Ljubljanice,65 njenih nabrežij in mostov. Plečnik je imel na voljo prostor, kakršnega je v glavnih potezah oblikovalo 19. stoletje. S tem ko so začeli poglabljati strugo Ljubljanice in izkopani material odlagati na nabrežja, s tem ko so zasuli jarke ob nekdanjem mestnem obzidju, je nastalo dvoje: Ljubljanica je tekla globje v strugi; nasipi so ustvarili komunikacije ob hišah, ki jim je poprej voda zalivala temelje; na mestih zasutih jarkov so se pokazale možnosti za postavitev novih mostov. Tako je bilo samo vprašanje časa, kdaj bo komu prišlo na misel, da bi korito Ljubljanice obzidal in dokončno uredil nabrežja. To se je zgodilo kmalu po letu 1913, ko je dunajski arhitekt Alfred Keller napravil načrte za ta poseg. Plečnik je prvotno mislil Ljubljanico prekriti na skoraj celotnem njenem poteku skoz mesto po zgledu prekritja rečice Wien na Dunaju,66 pozneje pa je v osnovi sprejel Kellerjev koncept, vendar ga je želel izboljšati. Izrabil je vsako še tako majhno priložnost, da bi dal svojim dopolnitvam osebni pečat, naj je šlo za opremljanje s klopmi, stebriči ali samo z drevjem in grmičevjem; pri velikih objektih je bilo to umevno samo po sebi. Bolj kot na njegovi kopni poti v mesto, ob kateri so zelenje, drevoredi, žive meje prej spremljava in ozadje arhitekturi, dobi zelenje težo ob njegovi vodni poti, kjer včasih nadomešča arhitekturo, je zelena arhitektura sama: kupole vrb, stebri topolov, zidci živih meja, brežine trat... Preoblikovanje nabrežij, če ne štejemo zraven ureditve Tromostovja, ki so ga izvedli med 1930 in 1932, se je začelo v letu 1931 in so ga s prekinitvami nadaljevali do leta 1939, ko so v izteku te poteze v bližini stare Cukrarne začeli zidati zapornico, tudi po njegovih načrtih (do 1945). Do leta 1931 je bilo rečno betonsko korito urejeno skoz vse mesto do izliva Gradaščice,67 odtlej pa je prevzel pobudo Plečnik in preostali del dodelave in predvsem zazelenitve skrbno načrtoval in nadzoroval. Najprej se je lotil obsežnega dela prostora Ljubljanice od tako imenovane Špice, kjer se Ljubljanica cepi na Gruberjev prekop in Ljubljanico, do izliva Gradaščice. Dela na ureditvah nabrežij in zidava mostov na Gradaščici pa so potekala sočasno. Plečnik je začel snovati svojo potezo z dolgo uverturo stopničastih nabrežij in jo na robu rečnega korita pospremil z zidcem žive meje. Na desnem bregu Ljubljanice je nabrežje obdal z drevoredom kostanjev, pozneje proti Šentjakobskemu mostu je dodal temu še javorjev drevored. Z dolgimi linijami širokih stopnic, mehko uvitih v linijo rečnega toka, ter z ostrim zavojem v izliv Gradaščice je opremil levi breg in na nekoliko višji terasi zasadil vrbe žalujke ob peščeni poti. V svojo potezo je vključil obstoječi Prulski most. Njegovo lego je v liniji kupolastih vrb naznačil s tremi topoli. Od izliva Gradaščice se rečna struga spremeni; obda jo še razmeroma nizki zid korita, od kvalitetne arhitekture Šentjakobskega mostu, dela Aloisa Krla iz leta 1915, pa betonsko korito seže prav do roba nabrežij in se šele od Zmajskega mostu spet spusti na nižjo črto, ter tako poteče mimo Šempetrskega mostu do zapornice. Kjer je mogoče, Plečnik spremlja potek reke z drevoredi; opusti jih le tam, kjer zanje zmanjka prostora.