Spopad med obema taboroma je sprožila vstaja na Češkem, kjer so Habsburžani uvajali absolutizem in krepili protireformacijo. Ker so jezuiti preganjali protestante, so češki plemiči leta 1618 vdrli v dvorec Hradčani, vrgli skozi okno tri cesarske odposlance (praška defenestracija, tj. metanje skozi okno), odstavili kralja Ferdinanda in za novega izvolili voditelja nemških protestantov. Ferdinand je z vojaško pomočjo Španije, papeža in nemških katoliških knezov vdrl na Češko in v bitki pri Beli gori leta 1620 porazil češko vojsko. Habsburške dedne dežele in Češka so bile tako spet katoliške, protestantski plemiči, ki niso hoteli postati katoličani, pa so se morali izseliti. Proti zmagovalcem pa so se povezali vsi njihovi nasprotniki. Tako se je vojna razširila v Nemčijo. Protestantske kneze sta podprla danski kralj Kristijan IV. in švedski kralj Gustav II. Adolf. Ko je švedski kralj po več zmagah v bitki padel, so Švedi kmalu izgubili vojno premoč v Nemčiji. Tedaj je stopila v vojno na strani Švedske in protestantskih knezov še Francija in prisilila Habsburžane, da so pristali na mirovna pogajanja. Vestfalski mir, ki so ga vojskujoči sklenili leta 1648 v Münstru in Osnabrücku, je tako pomenil konec vojne, v kateri je bila Nemčija zelo opustošena. Mnoga mesta so bila razdejana do tal in kakšna tretjina nemškega prebivalstva pobita.