Leta 1899, po neuspelem atentatu na kralja Milana, je bil Pašić obtožen, da je stal za atentatom. Kralj je zahteval njegovo glavo, za Pašića pa se je postavila Rusija. Tudi Avstro-Ogrska je opozorila kralja Milana, da ga pri tem ne bo branila. Milan se je dokončno odpravil iz države in prepustil vso oblast sinu, Pašića pa so nato obsodili ne pet let zapora in ga še isti trenutek izpustili. Pašiću so nekateri člani v stranki očitali, da se je strahopetno vedel in celo izdajal med postopkom. A Pašić je bil premočan, da bi ga spodrinili z mesta predsednika stranke, nezadovoljna frakcija pa se je nato odcepila. Naslednja tri leta je Pašić preživel v opoziciji in se komaj kaj ukvarjal s politiko. Pravzaprav mu to niti ni bilo potrebno, opazoval je škandale, ki jih je delal kralj Aleksander Obrenović, in čakal, kdaj bo mera polna.